തലശ്ശേരി മണ്ഡലത്തില്‍ നിന്ന് 1982, 1987, 2001, 2006, 2011 വര്‍ഷങ്ങളില്‍ അഞ്ചുവട്ടം നിയമസഭയിലെത്തിയിട്ടുണ്ട് കോടിയേരി. 2006ല്‍ വി.എസ്. അച്യുതാനന്ദന്‍ സര്‍ക്കാരില്‍ മന്ത്രിയായി. ആദ്യമായി മന്ത്രിയായപ്പോള്‍ ആഭ്യന്തരം-ടൂറിസം വകുപ്പുകളായിരുന്നു കോടിയേരിക്ക് ലഭിച്ചത്. മുഖ്യമന്ത്രിയായ വി.എസിന് ആഭ്യന്തരം നല്‍കാതിരിക്കുകയും പകരം കോടിയേരിക്ക് നല്‍കുകയും ചെയ്തത് വലിയ ചര്‍ച്ചകള്‍ക്കും വിവാദങ്ങള്‍ക്കും വഴിവെച്ചിരുന്നു. പിണറായി-വി.എസ് പക്ഷങ്ങള്‍ പരസ്യമായി അങ്കം വെട്ടിയപ്പോഴും പിണറായി പക്ഷക്കാരനായ കോടിയേരി പക്ഷേ, പ്രകടമായ തലത്തില്‍ വി.എസിനെതിരേ ആക്രമണത്തിന് തുനിഞ്ഞിട്ടില്ലെന്നതും ശ്രദ്ധേയമാണ്. കമ്യൂണിസ്റ്റ് പാരമ്പര്യമുള്ള കുടുംബത്തിലായിരുന്നില്ല കോടിയേരിയുടെ ജനനം. തന്റെ അച്ഛനോ അമ്മയോ ആരും കമ്യൂണിസ്റ്റ് താല്‍പര്യമുള്ളവരായിരുന്നില്ലെന്ന് അദ്ദേഹം തന്നെ വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ട്. നാടിന്റെ പശ്ചാത്തലവും സ്‌കൂളിന്റെ അന്തരീക്ഷവുമാണ് തന്നെ വിദ്യാര്‍ഥി പ്രവര്‍ത്തകനായി മാറ്റിയതെന്നും അദ്ദേഹം പറഞ്ഞിരുന്നു. ഓണിയന്‍ സ്‌കൂളില്‍ എട്ടാംക്ലാസ് മുതല്‍ കോടിയേരി കൊടിപിടിച്ച് തുടങ്ങിയിരുന്നു.
19 വയസ്, ബാലസംഘം നേതാവാകേണ്ട പ്രായത്തിലാണ് കോടിയേരി ലോക്കല്‍ കമ്മിറ്റി സെക്രട്ടറിയാകുന്നത്. അടിയന്തരാവസ്ഥാ കാലത്ത് അന്നത്തെ പ്രമുഖര്‍ക്കൊപ്പമുള്ള ജയില്‍ക്കാലം സംസ്ഥാന രാഷ്ട്രീയത്തിലേക്കുള്ള പരിശീലന കളരിയായി. ഇരുപതാം വയസില്‍ എസ്എഫ്‌ഐ സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറിയായതോടെ കോടിയേരിയും കണ്ണൂരും കടന്ന് ബാലകൃഷ്ണന്‍ വളര്‍ന്നു. അടിയന്തരാവസ്ഥക്കാലത്ത് 16 മാസം കണ്ണൂര്‍ സെന്‍ട്രല്‍ ജയിലില്‍ തടവുകാരനായും പ്രവര്‍ത്തിച്ചു. അന്ന് സഹതടവുകാരനായിരുന്ന പിണറായി വിജയന്‍ പോലീസ് മര്‍ദനത്തില്‍ അവശനായപ്പോള്‍ സഹായിക്കാന്‍ ചുമതപ്പെടുത്തിയത് കൂട്ടത്തില്‍ ഇളയവനായ കോടിയേരിയെയായിരുന്നു.