ഗവര്‍ണറുടെ ഉത്തരവ് പ്രകാരം എ.പി.ജെ അബ്ദുല്‍ കലാം സാങ്കേതിക സര്‍വകലാശാലയുടെ വൈസ് ചാന്‍സലര്‍ ആയി നിയമിതയായ പ്രൊഫ. സിസാ തോമസിന് എതിരെ സര്‍ക്കാര്‍ തുടങ്ങിയ അച്ചടക്കനടപടി ഹൈക്കോടതി ഡിവിഷന്‍ ബഞ്ച് റദ്ദാക്കി. സര്‍ക്കാരിന്റെ അനുമതി ഇല്ലാതെ വൈസ് ചാന്‍സലരുടെ ചുമതല ഏറ്റെടുത്തു എന്ന് കാണിച്ചു നല്‍കിയ കാരണം കാണിക്കല്‍ നോട്ടീസും കോടതി റദ്ദാക്കി.
മുന്‍ വൈസ് ചാന്‍സലര്‍ എം.എസ് രാജശ്രീയുടെ നിയമനം സുപ്രീം കോടതി അസാധുവാക്കിയപ്പോഴാണ് ചാന്‍സലര്‍ കൂടിയായ ഗവര്‍ണര്‍ ആരിഫ് മുഹമ്മദ്ഖാന്‍, സിസാ തോമസിനെ താല്‍കാലിക വൈസ് ചാന്‍സലര്‍ ആയി നിയമിച്ചത്. ഇതിനെതിരെ സര്‍ക്കാര്‍ ഹൈക്കോടതിയ സമീപിച്ചപ്പോള്‍ സിസയുടെ നിയമനം നിയമപരമാണെന്ന് കോടതി വിധിച്ചിരുന്നു.
അതിനു ശേഷമാണ് സര്‍ക്കാരിന്റെ അനുമതി ഇല്ലാതെ വൈസ് ചാന്‍സലര്‍ സ്ഥാനം ഏറ്റെടുത്തു എന്നു ആരോപിച്ചു കാരണം കാണിക്കല്‍ നോട്ടീസ് നല്‍കിയത്. കാരണം കാണിക്കല്‍ നോട്ടീസിനെതിരെ സിസാ തോമസ് ട്രിബ്യുണലിനെ സമീപിച്ചെങ്കിലും നടപടികള്‍ തുടരാമെന്ന് ട്രിബ്യൂണല്‍ ഉത്തരവിട്ടിരുന്നു. ഇതിനെതിരെയാണ് സിസ തോമസ് ഹൈക്കോടതിയെ സമീപിച്ചത്.
ഹര്‍ജി പരിഗണിച്ച ഹൈക്കോടതി ഡിവിഷന്‍ ബെഞ്ച് സര്‍ക്കാര്‍ നല്‍കിയ കാരണം കാണിക്കല്‍ നോട്ടീസ് നിയമപരമായി നിലനില്‍ക്കില്ലെന്നും, തെറ്റായി നല്‍കിയതാനെന്നും കണ്ടെത്തി. ചാന്‍സലര്‍ സിസയെ നിയമിച്ചത് യൂണിവേഴ്‌സിറ്റി ചട്ടങ്ങളും യുജിസി ചട്ടങ്ങളും അനുസരിച്ചാണെന്നും അതിനാല്‍ നോട്ടീസിലെ ആരോപണങ്ങള്‍ നിലനില്‍ക്കില്ല എന്നും കോടതി വിധിച്ചു. മാത്രമല്ല സിസയുടെ നിയമനം നിയമപരമാണെന്നു ഹൈക്കോടതി കണ്ടെത്തിയതാണ്.
ആ കേസില്‍ സര്‍ക്കാര്‍ കക്ഷിയുമായിരുന്നു. അതിനാല്‍ ഒരിക്കല്‍ കോടതി വിധി പ്രകാരം അന്തിമമായ ഒരു വിഷയം വീണ്ടും തുറക്കാന്‍ ചെയ്യാന്‍ സാധിക്കില്ല എന്നും കോടതി പറഞ്ഞു. ട്രിബ്യുണല്‍ ഉത്തരവിന് പിന്നാലെ റിട്ടയര്‍ ചെയ്യുന്ന ദിവസം, ചാര്‍ജ് കൈമാറിയതിനു ശേഷവു, കുറ്റാരോപണ മെമ്മോ നല്‍കിയിരുന്നു. ഇതും ചൊദ്യം ചെയ്തു കൊണ്ടാണ് സിസാ തോമസ് ഹൈക്കോടതിയെ സമീപിച്ചത്.
ഹൈക്കോടതി ഉത്തരവോടെ കുറ്റാരോപണ മെമ്മോ അടക്കം എല്ലാ തുടര്‍നടപടികളും റദ്ദാക്കപ്പെട്ടു.ജസ്റ്റിസ് മുഹമ്മദ് മുഷ്താഖ്, ജസ്റ്റിസ് ശോഭ അന്നമ്മ ഈപ്പന്‍ എന്നിവരടങ്ങിയ ഡിവിഷന്‍ ബെഞ്ചിന്റെതാണ് ഉത്തരവ്. സിസ തോമസിന് വേണ്ടി മുതിര്‍ന്ന അഭിഭാഷകന്‍ ജോര്‍ജ് പൂന്തോട്ടം ഹാജരായി.