ബി.എ പരീക്ഷ പാസാവാത്ത എസ്എഫ്‌ഐ നേതാവ് പി.എം ആര്‍ഷോയ്ക്ക് എം.എ ക്ലാസ്സില്‍ പ്രവേശനം നല്‍കിയ മഹാരാജാസ് കോളേജിന് യുജിസി, ഓട്ടോണമസ് പദവി നല്‍കിയിട്ടുള്ളത് 2020 വരെ മാത്രം. കോളേജ് 2021 മുതല്‍ പ്രവര്‍ത്തിക്കുന്നത് യുജിസി യുടെ അംഗീകാരമില്ലാതെയാണ്. ഇത് പരിശോധിക്കാതെ പ്രിന്‍സിപ്പലിന്റെ ശുപാര്‍ശയുടെ അടിസ്ഥാനത്തില്‍ എംജി യൂണിവേഴ്‌സിറ്റി ബിരുദങ്ങള്‍ നല്‍കുന്നത് അസാധുവാകും. അഫിലിയേഷന്‍ നല്‍കിയിട്ടുള്ള എം ജി സര്‍വകലാശാലയും, മഹാരാജാസ് കോളേജ് അധികൃതരും അംഗീകാരം നഷ്ടപെട്ട കാര്യങ്ങള്‍മറച്ചുവച്ചത് പരീക്ഷ നടത്തിപ്പില്‍ വ്യാപകമായ കൃത്രിമത്തിന് സഹായകമായതായി ആരോപണമുണ്ട്.
2014 ല്‍ യൂഡിഎഫ് സര്‍ക്കാരാണ് തിരുവനന്തപുരം യൂണിവേഴ്‌സിറ്റി കോളേജിനും, എറണാകുളം മഹാരാജാസ് കോളേജിനും ഓട്ടോണമസ് പദവി നല്‍കാന്‍ തീരുമാനിച്ചത്.എന്നാല്‍ യൂണിവേഴ്‌സിറ്റി കോളേജില്‍ പരിശോധനയ്ക്ക് എത്തിയ യുജിസി സംഘത്തെ എസ്എഫ്‌ഐ വിദ്യാര്‍ത്ഥികളും ഒരു വിഭാഗം അധ്യാപകരും തടഞ്ഞതിനെ തുടര്‍ന്ന് പരിശോധന നടത്താതെ അവര്‍ മടങ്ങുകയായിരുന്നു. എന്നാല്‍ മഹാരാജാസ് കോളേജില്‍ പരിശോധന നടത്തി കോളേജിന് 2020 വരെ ഓട്ടോണമസ് പദവി നല്‍കി.
ആദ്യം എസ്എഫ്‌ഐയും ഒരു വിഭാഗം അധ്യാപകരും എതിര്‍ത്തുവെങ്കിലും എല്‍.ഡി.എഫ് സര്‍ക്കാര്‍ അധികാരത്തില്‍ വന്നതോടെ അവര്‍ നിലപാട് മാറ്റി. അതോടെ കോളേജ് ഭരണത്തിലും പരീക്ഷ നടത്തിപ്പിലും, മൂല്യ നിര്‍ണ്ണയത്തിലും വിദ്യാര്‍ഥികളുടെ ഇടപെടല്‍ ശക്തമായി. കോളേജ് പ്രവേശനത്തിലും,പരീക്ഷ നടത്തിപ്പിലും ഫല പ്രഖ്യാപനത്തിലും വ്യാപകമായ കൃത്രിമം നടന്നതായി നേരത്തെ ആക്ഷേപമുണ്ട്.
കോളേജിന്റെ ഓട്ടോണമസ് പദവി നഷ്ടപെട്ട സാഹചര്യത്തില്‍ കോളേജിനെ എംജി യൂണിവേഴ്‌സിറ്റിയുടെ നേരിട്ടുള്ള നിയന്ത്രണത്തില്‍ മാറ്റണമെന്നും, 2021 ന് ശേഷമുള്ള വിദ്യാര്‍ഥി പ്രവേശനം, ക്ലാസ്സ് കയറ്റം, പരീക്ഷ നടത്തിപ്പ് എന്നിവ പുന പരിശോധിക്കണമെന്നും, കോളേജ് പ്രിന്‍സിപ്പല്‍ ശുപാര്‍ശ ചെയ്യുന്നവര്‍ക്ക് ബിരുദങ്ങള്‍ നല്‍കുന്നത് യൂണിവേഴ്‌സിറ്റി തടയണമെന്നും ആവശ്യപ്പെട്ട് സേവ് യൂണിവേഴ്‌സിറ്റി ക്യാമ്പയിന്‍ കമ്മിറ്റി മുഖ്യമന്ത്രിക്കും, വിദ്യാഭ്യാസ മന്ത്രിക്കും, എംജി വിസി ക്കും നിവേദനം നല്‍കി.