2004ലെ ഉത്തർപ്രദേശ് മദ്റസാ വിദ്യാഭ്യാസ ബോർഡ് നിയമം സുപ്രീംകോടതി ശരിവെച്ചു. നിയമം റദ്ദാക്കിയ അലഹബാദ് ഹൈകോടതി വിധി പരമോന്നത കോടതി റദ്ദാക്കി.
ഹൈകോടതി വിധിക്കെതിരെ വിവിധ മദ്റസാ മാനേജർമാരുടെയും അധ്യാപകരുടെയും സംഘടനകളും മറ്റും നൽകിയ അപ്പീലിലാണ് ചീഫ് ജസ്റ്റിസ് ഡി.വൈ. ചന്ദ്രചൂഡ് അധ്യക്ഷനായ മൂന്നംഗ ബെഞ്ച് വിധി പറഞ്ഞത്. ഹൈകോടതി വിധി നടപ്പാക്കുന്നത് ഏപ്രിൽ അഞ്ചിന് സുപ്രീംകോടതി സ്റ്റേചെയ്തിരുന്നു.
നിയമനിർമാണത്തിൽ മതപരമായ കാര്യങ്ങൾ ഉണ്ടായാൽ അത് ഭരണഘടന വിരുദ്ധമാകില്ലെന്ന് കോടതി വ്യക്തമാക്കി. മദ്റസകൾ ഔപചാരിക വിദ്യാഭ്യാസത്തിന്‍റെ ഭാഗമാണെന്നും പ്രവർത്തനം തുടരാമെന്നും കോടതി അറിയിച്ചു. ചീഫ് ജസ്റ്റിസിനെ കൂടാതെ, ജസ്റ്റിസുമാരായ ജെ.ബി. പാർദീവാല, മനോജ് മിശ്ര എന്നിവരാണ് ബെഞ്ചിലുണ്ടായിരുന്നത്.
സംസ്ഥാന സർക്കാറിന് മദ്റസകളുടെ വിദ്യാഭ്യാസ നിലവാരവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട കാര്യങ്ങളിൽ നിയന്ത്രണം കൊണ്ടുവരാമെന്നും എന്നാൽ ഭരണകാര്യങ്ങളിൽ ഇടപെടരുതെന്നും ചീഫ് ജസ്റ്റിസ് വ്യക്തമാക്കി. കുട്ടികൾക്ക് മതിയായ വിദ്യാഭ്യാസം ലഭിക്കുന്നുണ്ടെന്ന് ഉറപ്പാക്കാനുള്ള സംസ്ഥാനത്തിന്‍റെ ക്രിയാത്മകമായ ബാധ്യതയുമായി നിയമം പൊരുത്തപ്പെടുന്നതാണെന്ന് ബെഞ്ച് ഉത്തരവിൽ പറയുന്നു.
മദ്റസകളുടെ പ്രവർത്തനത്തിന് മേൽനോട്ടംവഹിക്കാൻ ബോർഡുകളെ ശക്തിപ്പെടുത്താനാണ് 2004ൽ ഉത്തർപ്രദേശ് മദ്റസാ വിദ്യാഭ്യാസ ബോർഡ് നിയമംകൊണ്ടുവന്നത്. അറബി, ഉറുദു, പേർഷ്യൻ, ഇസ്‌ലാമികപഠനം, തത്ത്വശാസ്ത്രം, ബോർഡ് പറയുന്ന മറ്റുവിഷയങ്ങൾ എന്നിവയെ മദ്റസാ വിദ്യാഭ്യാസത്തിൽ ഉൾപ്പെടുത്തുകയും ചെയ്തു.
എന്നാൽ, നിയമം ഭരണഘടനാവിരുദ്ധമെന്ന് പറഞ്ഞാണ് ഹൈകോടതി റദ്ദാക്കിയത്. മദ്റസ വിദ്യാർഥികളെ ഔപചാരിക സ്കൂൾ വിദ്യാഭ്യാസ സമ്പ്രദായത്തിൽ ഉൾപ്പെടുത്തണമെന്ന് സംസ്ഥാന സർക്കാറിനോട് ഹൈകോടതി ആവശ്യപ്പെട്ടിരുന്നു.